La atresia del intestino delgado puede ocurrir en cualquier punto del intestino, más frecuentemente se presenta en el íleon distal (última porción del intestino delgado). Usualmente la atresia es única, pero puede presentarse en varios puntos, contiguos o dispersos, a lo largo del mesenterio. La causa precisa se desconoce, pero se cree puede deberse a un accidente vascular in útero, como se ha visto en algunos modelos animales. El diagnostico se sospecha por la clínica e imágenes a la radiografía de abdomen, siendo clásica y puede mostrar unos pocos niveles con asas muy dilatadas en una obstrucción proximal, o un número mayor de asas distendidas en una obstrucción más distal. El tratamiento es siempre quirúrgico y consiste en anastomosar las asas de intestino atrésicas.
La Atresia de Colon es mucho menos frecuente. La presentación clínica es similar a la de la atresia de intestino delgado, pero la radiografía de abdomen muestra una gran asa distendida al lado derecho del abdomen, usualmente sin distensión significativa del intestino delgado. Esto se explica por la presencia de la válvula íleocecal, que impide el retorno del gas y líquido intestinal una vez que ha llegado al ciego. La atresia de colon se asocia a "enfermedad de Hirschsprung", por ello se recomienda que en la aproximación inicial no se realicen anastomosis, sino la formación de ostomías en ambos cabos del colon. El paciente debe ser estudiado en forma diferida y se debe comprobar la presencia de células ganglionares antes de completar la continuidad del intestino.